براساس مطالعات وجه تسمیه طالخونچه چند دیدگاه مطرح است یک دیدگاه بر این باور است که منطقه طالخونچه از قدمت هزار ساله برخوردار است نام قبلی این شهر به میمنت طالقان تهران که مقر سلطنت حسن صباح و قوم اسماعیلیه بوده و در قلعه الموت سکونت داشته اند طالقانچه یعنی طالقان کوچک نام نهاده شد بعد از انقراض سلطنت اسماعیلیه و آخرین پادشاه این طایفه بنام رکن الدین شاه بدست هلاکو خان مغول بساط این طایفه در سرتاسر ایران برچیده شد بعد از انقراض سلطنت اسماعیلیه به مرور زمان طالقانچه به طالخونچه مبدل شد .
دیدگاه دیگر بیان می کند نام اصلی این شهر «طالقان جی» بوده که به دلیل خونریزی قوم مغول در این محل، نام آن به طالخونچه معروف گردید.
